Te va a pasar cuando el entrenador considere que el suplente es mejor. Ahí intervienen diferentes variables, como la forma o la táctica, por lo que no siempre te lo va a hacer aunque los jugadores sean los mismos.
Teóricamente, si no te importa mucho quién juegue, el entrenador va a hacer la mejor alineación que considere posible. Si quieres forzar a que jueguen los que tú quieres es mejor seguir estrictamente tus órdenes.