1) Ne prende una parte, secondo una legge logaritmica/esponenziale. Ossia, se prende per esempio 36 minuti (75% di 48) prende un po' meno del 75% dell'allenamento pieno (per questo è sempre meglio dare 48 minuti a chi si allena). Se il tuo centro ha fatto 47 minuti prende un allenamento pressochè completo, comunque (almeno il 95%, direi, quindi nulla di grave)
2) Perchè il motore di gioco si diverte a fare queste cose, se si vince di molto. :(
La cosa migliore è lasciare a casa chi non viene schierato in nessun ruolo, piuttosto che lasciarlo in panca. Ti permette di evitare situazioni come queste.